随着我国农业和农村经济进入新的发展阶段，农产品质量安全问题成为农业发展的主要问题。党的十五届五中全会《决定》、《国民经济和社会发展第十个五年计划纲要》、党的十六大报告以及2001年以来每年的中央农村工作会议均明确指出要加快农产品质量安全体系建设。国家财政从2000年开始设立农产品质量安全专项，包括无公害农产品质量安全监测、农业行业标准制修订、农业投入品质量监管和农产品质量认证四个项目。

　　为加强农产品质量安全专项的管理，保障专项实施，农业部门成立了专职农产品质量安全工作的管理机构。农业部成立以主管部长任组长的农产品质量安全工作领导小组，农业部市场与经济信息司综合负责与协调农产品质量安全工作，地方农业厅（局、委）均设立专门机构负责农产品质量安全工作。农业部门相继成立农作物种子、动物检疫、植物检疫、兽药、饲料、畜牧、水产、农业机械、饲料、转基因、植物新品种测试等重点领域的13个全国性农业标准化技术委员会，负责农业标准制修订中的技术工作；整合资源，初步建成部、省、县（市）三级专业设置齐全、技术手段先进的检验检测体系；加强无公害农产品认证，基本形成以无公害农产品认证为主体，绿色食品、有机食品认证和相关体系认证为补充的统一、权威的农产品质量认证体系。

　　为了规范专项的组织实施，农业部组织制定了农产品质量安全专项有关经费管理办法、项目实施办法和相关技术规范。例如，与财政部联合发布了《农业行业标准经费管理办法》，明确了专项经费的管理措施以加强对农业标准专项经费的管理，保证经费专款专用。完善了《全国农业行业标准管理实施办法》，对标准的管理和制修订质量要求作了具体规定。围绕新阶段农业发展的新方向，提出了《农业部关于加强农业标准化工作的意见》；针对标准制修订中出现的具体问题，制定了《农业行业标准审定技术规范》和《农业标准编写技术规范》，以规范农业标准的编写和审定工作，提高标准质量和管理效率。例如，例行监测工作中，以《农业部产品质量监督检验测试中心管理办法》、《农业部产品质量监督检验测试中心基本条件》等相关技术规范为要求，通过制定农产品质量安全例行监测方案、完善实验室内部审核制度、开展实验室能力比对工作等，确保监测结果的客观、公正。专项经费和项目管理相关措施的出台为农产品质量安全专项管理工作提供了依据，保障了专项各项工作的顺利开展。

　　每批项目下达以前，农业部均充分吸纳相关领域专家意见，针对农业生产发展、国内外贸易形势、行政执法以及农业政策的需要编制《项目申报指南》，确定重点领域，提出项目发展原则和目标、重点和具体实施要求，以科学引导项目的申报。为保证项目的科学性、先进性和适用性，项目立项以前也进行了广泛的论证和严格的技术审查与程序审查。有力地保证了标准的质量和技术水平，为标准的适用和可操作性提供了保障。

　　为保证农产品质量安全专项的实施质量，农业部非常重视对从事农产品质量安全工作人员的技术培训。以标准制修订项目为例，2000年第一批标准下达之初，组织举办了全国农业标准主要起草人员标准化知识培训班。种植、畜牧、渔业、农机等行业也结合本行业的特点组织各类培训和宣传40多班次，培训人数5000多人次。多项工作全面开展，确保例行监测各项工作的顺利完成，保证例行监测结果的权威性、公正性、准确性和科学性。